Thunderbirdで突然フォルダが消えた場合には、まずは次の確認をしましょう。

メニューから「移動」をクリック
↓
「フォルダー」をクリック
↓
「すべてのフォルダー」にチェック（丸印）が入っているか確認しましょう。

入っていなければ「すべてのフォルダー」にチェックを入れると見えなくなっていたフォルダが表示されるようになります。そんな操作はしていないのに、突然「未読フォルダー」など他の選択肢にチェックが入っていて、大量のフォルダーが消えた状態となった場合にはお試しください。