ワードプレスのバージョンを手作業で最新版にアップグレードしたところ、画面が真っ白になってしまいました。

/var/log/httpd/error_log
を見ると次のようなログがありました。

PHP Fatal error: Class ‘WP_Taxonomy’ not found in /home/.sites/111/site2/web/wp-includes/taxonomy.php on line 384, referer: http://www.hoge.co.jp/wp-admin/plugins.php

どうしたら良いでしょうか。

ファイルにアップデート漏れがないかをご確認ください

全てのファイルがアップロードされていないのだと思います。

wp-admin や　wp-includes　のアップデートは終わっていると思いますが、その上の階層、webディレクトリ直下のファイル、特に　wp-settings.php　のアップロード漏れがないかをFTPソフトで表示されるタイムスタンプにてご確認ください。